哈尔滨医科大学校史馆始建于2010年，2026年完成重新规划布展，坐落于图书馆六、七两层，展馆总面积约2000平方米，陈列各类展品700余件，全景展现学校百年办学征程与文化传承发展。

六层为主展厅，由序厅、百年长廊、四大历史展厅与尾厅组成，以百年长廊为中轴线，两侧展厅对称布局。长廊集中展示校徽、校训等校园文化标识，陈列新中国成立以来历任党委书记、校长影像资料，以及学校不同时期公章、图书章等珍贵岁月印迹，同时设置领导关怀与公共服务板块，贯通学校历史纵深与时代发展脉络。

序厅依托浮雕墙、历史沿革图、国旗指挥刀、校名变迁沿革，凝练梳理学校办学源流与发展主线。第一展厅“双源肇始”，追溯滨江医学专门学校与中国工农红军军医学校两脉源流的发展与交汇；第二展厅“擎启新章”，记述1949年至改革开放前，学校奠基立业、开拓前行的奋斗历程；第三展厅“奋进图强”，回顾1978年至2000年间学校抢抓机遇、锐意进取的发展轨迹；第四展厅“乘势而上”，展现2000年以来学校跨越发展、争创一流的崭新气象。尾厅设有院士校友、将军校友事迹展，陈列国家领导人与校友合影、毕业生合影墙及证书墙，配套互动查询、互动留影等数字化展陈设施，实现历史传承与智能观展体验有机融合。

七层为专题展厅，集中展示获评国家级荣誉的优秀学科团队建设历程，涵盖地方病防治、公共卫生、遗传学、药理学、心血管病、普通外科、神经外科、肿瘤等优势学科，呈现各团队攻坚克难、深耕求索的科研积淀与育人成果。展厅同时设置学科团队群像展区和百年校庆专题展区，全方位展示学校标杆团队风貌与百年办学辉煌历程。

馆内珍藏大量极具历史价值的实物与文献：毛泽东主席亲笔签署的哈尔滨医科大学校长任命书、伍连德博士生前使用的注射器，记录中国工农红军卫生学校发展历程的兴山中国医科大学纪录片，还有于维汉、李璞、傅世英、王迺谦、夏求明等老一辈功勋教授的手稿、文献资料与行医器具，生动彰显先辈严谨治学、济世救民的崇高风范。

鉴往知来，薪火赓续。校史馆以百年办学峥嵘岁月为脉、以珍贵史物精神内核为魂，充分发挥育人、励人、聚人、传人的独特功能，是学校传承红色根脉、厚植医者初心、弘扬大爱医德、培育济世英才的核心文化阵地。