哈尔滨医科大学图书馆古籍阅览室位于图书馆五楼,面积333平方米，古籍存藏和阅览一体化，藏书室装修古朴优雅，设施完善，目前珍藏明清古籍453部1775册，民国古籍341部3447册，中医古籍善本72种，历代医学文献典籍比较齐全，上自先秦、下至近代的历代著名医药学家著述均有收藏。藏书种数多，门类较为齐全，包括医经、医案、药物、诊断、方剂、证治、内科、外科、妇科、儿科、针灸及外集杂著等中国医药学的各个方面。明清刻本是藏书的主要部分，明清是我国刻书业的鼎盛时期，流传下来的古籍印本相对较多，尤其是中医古籍更是占据绝大部分，哈医大图书馆藏书中不仅有大量明清精刻本、珍本、钞本、孤本，还有许多日刻汉籍（和刻本或日本刻本）。