哈尔滨医科大学图书馆始于1928年哈尔滨医学专门学校成立时期，历经原哈尔滨医科大学图书馆、与兴山中国医科大学图书馆合并、以及1949年恢复组成至今的哈尔滨医科大学图书馆。经过几代图书馆人的共同努力，目前已发展成特色鲜明、设施完备的现代化生物医学图书馆。1996年哈医大图书馆与黑龙江省医学情报研究所合并组成黑龙江省医学文献信息中心，在全国医学图书情报系统率先实现了图书情报一体化，是卫生部医药卫生科技项目查新咨询单位和CNKI知识网络服务站专业一级站。

图书馆结合学校校园仿古建筑风格设计，建筑面积26058平方米，地下一层，地上七层。馆内设有大型阅览室、密集书库、自习大厅、共享大厅等。阅览座位2300个；哈医大图书馆气势恢宏、风格古朴、环境典雅、线条流畅，体现出我国古建筑独特的风格与魅力；吸收和融合国内外图书馆精髓，跻身全国50所最美大学图书馆。图书馆每天早7点至晚22点连续开馆，周六、周日和节假日不休息，每周累计开馆时间达105小时。

图书馆设有“六部两室两馆一中心”：流通部、编目部、采访部、阅览部、技术支持部、参考咨询部、医学文献检索教研室、办公室、校史馆、档案馆和知识产权信息服务中心。图书馆现有职工40人，具有高级职称人员占45%，硕士及以上学位人员占52.5%，已形成了年龄结构、学历结构和职称结构较为合理的专业人员队伍。

馆藏资源以生物医学文献为主体，辅之以人文社会科学书刊和各类语言工具书，另开通Dialog国际联机检索系统，建有黑龙江省外文医学文献服务平台文献传递系统。图书馆采取“一站式”全开架管理模式，藏阅结合，图书管理为金盘系统附设RFID自助借还系统，为传统型管理与数字化管理相结合的复合型图书馆。