哈尔滨医科大学校史馆建于2010年并开馆开放，展厅使用面积为1198.48平方米，陈列展品500余件。

序厅位于轴线位置，有前言、校徽、校刊、校名、历史沿革图以及各个历史时期的校门印迹；之后展厅分为哈尔滨医学专门学校发展至老哈尔滨医科大学历史部分，中国工农红军卫生学校及其瑞金时期、延安时期、兴山时期沿革和发展至中国医科大学部分，恢复建设新型哈尔滨医科大学部分，50年代初文庙时期、50年代中后至1966年、文革时期、改革开放时期（至2000年）、2000年以后腾越至今的哈尔滨医科大学新时期。

展厅展出的珍贵物品有，毛泽东主席签署的哈尔滨医科大学校长任命书，江泽民、李鹏、乔石等中央领导的题词，伍连德博士身前用过的注射器，校友高培质教授为毛主席医治眼病用过的眼底镜，中国工农红军卫生学校成长壮大而成的(兴山)中国医科大学15分钟新闻记录片，哈尔滨医学专门学校老校友捐赠的第二回卒业生卒业纪念写真帖，（兴山）中国医科大学老校长王斌作词的校歌录音带，哈尔滨医学专门学校不屈不挠斗争的烈士学员、苏飞百岁老校友的人生经历，以及建设新型哈尔滨医科大学的老一代著名功勋教授于维汉、赵士杰、李璞、傅世英、王迺谦、夏求明、陈昭民等著名教授的手稿、资料、器具等。

历史让我们敬畏。展厅有的佐证90多年学校历史轨迹和风雨历程的史料和实物将发挥特有的教育作用、激励作用、凝聚作用和传承作用。让我们永远铭记--

伍连德医学博士英名和“赤诚爱国、自强创业”的不朽业绩；

中国工农红军卫生学校“政治坚定、技术优良”的光荣传统和革命精神；

哈医大“木直中绳、博学载医”的校训；

哈医大“尚医、崇生、传承、探行”的大学精神！