哈尔滨医科大学校史馆于2010年建馆并开始展出，史馆占地面积为1198.48平方米，陈列展品为300余件。

轴线是序厅，序厅有前言、校徽、校刊、校名、历史沿革图以及各个历史时期的校门。之后分为医学专门学校部分，中国工农红军卫生学校及其后续部分--瑞金时期、延安时期、兴山时期，新型哈尔滨医科大学部分--开班及50年代初文庙时期，50年代中后至1966年、文革时期、改革开放时期（至2000年）、2000年以后新时期。展出的珍贵物品有毛主席签署的哈尔滨医科大学校长任命书，江泽民、李鹏、乔石等中央领导的题词，伍连德博士身前用过的注射器，校友高培质教授为毛主席医治眼病用过的眼底镜，兴山中国医大的15分钟新闻纪录片，哈尔滨医学专门学校老校友，捐赠的第二回卒业生卒业纪念写真帖，兴山中国医大老校长王斌作词的校歌录音带，以及于维汉、赵士杰、李璞、傅世英、王迺谦、夏求明、陈昭民等教授手稿、资料、器具。充分体现了哈尔滨医科大学建校以来特有的科学基因、红色基因和开放基因。

历史让我们敬畏。校史史料和实物将发挥特有的教育作用、激励作用、凝聚作用和传承作用。

让我们永远铭记--

首任校长伍连德医学博士“赤诚爱国、自强创业”的科学信念和不朽业绩！

毛泽东为学校红色血脉“中国工农红军卫生学校”制定的“政治坚定、技术优良”的办学方针和革命精神！

毛泽东为学校毕业学员的题词，发扬“救死扶伤实行革命的人道主义”的红色医疗战士的工作宗旨。